Créé à partir de l’ADN de Mew, le « plus rare » des Pokémon, Mewtwo est engendré par la Team Rocket. Furieux de ne pas comprendre sa présence sur terre, il s’enfuit de chez Giovanni et décide de lancer un défi à de très bons dresseurs, afin de créer une armée de clones de leurs Pokémon et prendre possession de la planète. Mais heureusement, Sacha et ses amis sont là pour nous sauver la mise.